天汉二年（前９９），李陵抗击匈奴，力战之后，兵败投降。消息传来，武帝大为震怒，朝臣也纷纷附随斥骂李陵。司马迁愤怒于安享富贵的朝臣对冒死涉险的将领如此毫无同情心，便陈说李陵投降乃出于无奈，以后必将伺机报答汉朝。李陵兵败，实由武帝任用无能的外戚李广利为主帅所致，司马迁的辩护，也就触怒了武帝。他因此受到“腐刑”的惩罚。对于司马迁来说，这是人生的奇耻大辱，远比死刑更为痛苦。在这一场事件中，他对专制君主无可理喻的权力、对人生在根本上为外力所压迫的处境，有了新的认识。他一度想到自杀，但他不愿宝贵的生命在毫无价值的情况下结束，于是“隐忍苟活”，在著述历史中求得生命的最高实现。终于在太始四年（前写于这一年的《报任安书》中，司马迁对于自己的际遇和心情作了一个完整的交待。

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